一般来说，肾穿刺活检是比较安全的，若能严格掌握指征及按操作步骤进行，极少发生严重的并发症。常见并发症有：
    （１） 血尿：镜下血尿几乎每例皆有，一般常在1～2日内自行消失。肉眼血尿发生率2%～12%，约持续1～3日即可转为镜下血尿，不需特殊处理，仅延长卧床即可。个别病例血尿极严重，血压常迅速下降，应及时开放静脉输血输液，积极防治休克。在充分输血补液后血压仍不能维持正常时，应考虑外科手术。
    （２） 肾周围血肿，肾穿后发生肾周围血肿十分普通，多为小血肿，无临床症状，1～2周内可自行吸收。具有临床表现的血肿，多在穿刺后当天发生，患者常觉腰或（和）腹痛，甚至鼓肠、恶心、呕吐，体检腰、腹部压痛、轻度肌紧张，偶可触及肿块。此时应延长卧床及注射止血药时间，并加强抗感染（用较强抗菌药，预防血肿继发感染极重要）。
    （３） 动静脉瘘：典型表现为严重血尿或（和）肾周血肿，顽固性高血压、进行性心力衰竭，腰腹部血管杂音。动静脉瘘常发生在高血压、肾硬化、肾间质纤维化及严重动脉病变病人肾穿刺后，对这类病人就提高警惕，可疑时应立即做肾动脉造影。
    （４） 感染：肾穿刺后感染发生率并不高，但严重感染可造成肾脓肿及败血症等严重后果，应予预防。