近年对乙肝病毒去氧核糖核酸的分子生物学研究，已经有了很大进展。完整的乙肝病毒去氧核糖核酸（ＨＢＶＤＮＡ）基因是由３２００个左右的核苷酸环组成。环由一条长链和一条短链绞扎而成。从固定点形成一个缺口，由恒定长度的双链小分子组成的去氧核糖核酸链称长链（又叫负链）；比长链少１５％－５０％核苷酸，而长度不恒定的另一条链称短链（或叫正链）。  

    长链的核苷酸序列有４个功能段，称开放读码区，分别被命名为：Ｓ区（专管ＨＢｓＡｇ的复制）。Ｃ区（主管核心抗原ＨＢｃＡｇ），Ｐ区（主要合成乙肝病毒去氧核糖核酸聚合酶），Ｘ区（能合成ＨＢｘＡｇ蛋白）。每区都有起始和终止标。各区在病毒复制过程中各司其职，发挥其主要特性。